교회건물 양도시 양도소득세, 기타 법인격의 법인세 면세 등에 관하여

목사님들께서 꼭 알아 두시면 도움이 되시고, 나중 큰 낭패를 당하지 않는 세무 관련 법률을 소개합니다.

통상 유지 재단에 가입하지 않는 교회는 관할 세무서에 고유번호증을 부여받는 경우가 대부분이고, 이렇게 고유번호증을 부여 받으면 혹시 나중에 교회를 양도(매매)하는 경우, 양도소득세(법인세)를 납부하지 않을 것으로 다들 그렇게 생각하고 계시는 목사님들이나, 교회들이 상당할 것으로 생각하고 있습니다. 국세 기본 법 제13조는 다음과 같은 규정을 두고 있습니다. 그런데 세무서에서 부여 받는 고유번호 증에는 상당한 함정이 숨어 있습니다.

국세기본법 제13조(법인으로 보는 단체 등)
① 법인(「법인세법」 제2조제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기 되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본 재산이 있는 재단으로서 등기 되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

한편, 국세기본법」 제13조 제2항 및 제4항에 따른 법인으로 보는 단체에 해당하는 종교단체가 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하기 위하여 당해 단체에 소속되어 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 선교사에게 사택으로 제공한 부동산을 처분하는 경우 「법인세법」 제3조 제3항 제5호와 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되지 않습니다. 비영리내국법인인 교회가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 부동산을 처분하여 발생하는 수입에 대하여는 「법인세법」제3조제3항제5호 및 같은 법 시행령 제2조제2항에 따라 법인세(양도소득세)가 과세되지 않습니다.

그런데 위 세법 규정에는함정이 있습니다. 목사님들께서 처음 교회를 마련하고, 유지재단으로 가입하지 않고, 개 교회명의로 등기를 하고, 세무서에 가서 등록번호를 신청하고, 등록번호를 부여 받을 때,

많은 개 교회들은 관할 세무서로부터 교유번호증을 부여 받을 때, 고유번호가 212-89-05447( 000- 89- 00000) 대부분일 것으로 미루어 짐작이 갑니다.

위 고유번호 증의 가운데 숫자 “89”를 부여 받게 됩니다. 가운데 숫자가 “89”는 교회의 단체로 보지 않습니다. 비록 교회 명의로 소유권이전등기가 되어 있고, 수백 명, 수천 명이 예배를 드리는 교회라고 하더라도 혹시 나중에 교회를 양도하는 경우, 개인으로 보고 엄청난 양도소득세를 부과 받게 됩니다.

따라서 현제 개 교회 명의로 소유권이전등기가 되어 있는 교회는 000- 89- 00000을, 000-82-0000으로 변경하는 절차를 밟아야 합니다. 이러한 경우, 앞서의 고유번호를 취소하고, 다시 고유번호 증을 부여받는 신청을 하여야 하는데, 이 때 준비하는 서류는 교회정관

(운영규칙 또는 운영규정), 교인명부, 대표자 임명장, 신분증, 도장, 교회 직인, 제직회의록 또는 당회록, 공동회의록 중 택일, 이러한 서류를 준비하시고, 관할 세무서에 신청하실 때, 기타 법인에 해당하는 교유번호 증을 신청한다고 하시면 됩니다.

그러면 000-82- 00000의 고유번호 증을 부여받을 수가 있습니다. 이러한 고유번호 증을 부여받은 후, 3년 이상을 고유목적 즉 종교시설로 사용하여 합니다. 이렇게 하는 경우, 나중에 혹시 교회 건물을 양도하는 경우, 즉 양도소득세(법인세)를 내지 않게 됩니다. 개교회로 소유권이전등기를 한 목사님들 및 장로님들께서, 즉시 교회 고유번호증을 확인하시고, 고유번호증 가운데 숫자가 “89” 이면, 빠른 시일 내에 “82”(법인번호)로 변경하는 신청을 하시기 바랍니다. 감사합니다.

2023년 9월 26일

윤석권장로 (함해노회)

(직장 : 법무법인 하정)