본회는 섬종합선교(신안하의, 고흥, 거제남해)를 관리, 감독하는 사무장 1인을 두고 필요 시 직원을 둘 수 있다.

사무장은 상임총무의 지시에 따라 제반업무를 처리한다.

모든 직원은 상임총무의 재청으로 임원회의 결의에 의하여 회장이 임명한다.

직원의 보수와 정년은 대한예수교장로회 총회 헌법과 규칙에 따른다.